Das Bachneunauge ist Bewohner kleiner Fliessgewässer, wird aber auch in Flüssen und durchströmten Seen angetroffen. Nach einer Dauer von 3 - 4 Jahren wandeln sich die Larven zum adulten Neunauge um, das keine Nahrung mehr aufnimmt. Die Neunaugen laichen , an der Unterseite von Steinen angeheftet und paarweise umschlungen, in der Strömung ab. Dort haben sie vorher Laichgruben ausgehoben. Diese Laichgruben haben sie mit dem Wegtransport der Kiesel mit ihrem Saugmaul ausgehoben. Kurz nach dem Laichen gehen die adulten Bachneunaugen ein.